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L’ADN Environnemental Pour La Surveillance Des Eaux Littorales Et Intermédiaires : Approche Par Les Foraminifères

Les foraminifères sont de bons indicateurs de la qualité des eaux marines et littorales. Ce taxon est abondant et très diversifié à la surface et dans les sédiments. De nombreuses études scientifiques ont démontré la sensibilité de certaines espèces à différents types de stress (naturels ou anthropiques). La majorité de ces études se base sur des données morphologiques (comptage et détermination des foraminifères individuels par échantillon). Néanmoins, depuis une quinzaine d'années, les outils moléculaires ont permis de révolutionner notre compréhension de la diversité et de l’évolution de ce groupe. Ce projet de thèse permettra de combiner et de comparer les approches morphologique et moléculaire.

Un travail de fond doit être entrepris notamment afin de :

  • Déterminer les meilleurs protocoles et méthodes d'échantillonnage, d’extraction de l’ADN et de séquençage. En effet, il existe de nombreuses méthodes d’analyse de la diversité. Lors d’études de l’ADN environnemental, il a été démontré que tout changement dans la méthode d’analyse aura un effet significatif sur les résultats. Dans ce projet, nous testerons et validerons les méthodes les plus adaptées aux foraminifères et aux zones de transitions.
  • Déterminer les avantages et les inconvénients des approches morphologique et moléculaire et identifier leur éventuelle complémentarité.
  • Interpréter les phylotypes obtenus par séquençage haut débit de l’ADN environnemental en termes de taxonomie, de valeur bio-indicatrice et d’évaluation écologique.

Pour avancer sur ces questions, nous proposons un projet de thèse basé sur les données collectées durant ces dernières années au LOG (Projet : Foram-INDIC) et au LPG (Projets : FORESTAT, IMPEC). En effet la mise en commun de ces projets permettra d’avoir une vision holistique de la diversité des foraminifères sous différentes conditions environnementales. Cette première étape sera le socle pour réaliser une étude de terrain sur des sites avec une forte pression anthropique (les sites aquacoles de Corse, les zones ostréicoles des Pertuis Charentais). Ce projet permettra de proposer une approche crédible de l’étude des foraminifères en utilisant l’ADN environnemental. De plus, la synergie de nos deux laboratoires permettra une homogénéisation des méthodes au niveau national.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation